ilość DNA

[fossa_ovalis]

Witam.
Chciałabym zapytać, w jaki sposób mogę oszacować ilość DNA na podstawie zdjęcia z elektroforezy?
Podobno używa się do tego programów komp. - np. imagej - które na podstawie intensywności prążków określą jakie jest stężenie. Jak się do tego zabrać? Mógłby ktoś polecić jakiś tutorial (może być po ang)? Wszystko co znalazłam dotyczy określania długości fragmentów - a o ilości dna nic nie ma/
z góry dziękuję za pomoc
pozdrawiam
fossa_ovalis

[Jakusz]

Na prawdę coś takiego się robi? To tak jakby badań jasność żarówki na podstawie jej wielkości

[fossa_ovalis]

A jak inaczej mogłabym to oszacować?

[Waat]

Poczytaj sobie o spektrofotometrii.

[fossa_ovalis]

Problem polega na tym, że chcę znać ilość DNA w poszczególnych prążkach po trawieniu - a nie ogólną ilość DNA w próbce.

[Jakusz]

To może sobie wyektrahuj to DNA z wyciętego prążka. Nie wiem jednak na ile jest to metoda dokładna. Określanie stężenia na podstawie ciapki na zdjęciu wydaje mi się bardzo dziwne. Przecież to, jak wyjdzie Ci zdjęcie zależy od manualnych ustawień podczas jego wykonywania.

[helicobacter]

oczywiście - można, to są techiki pół-ilościowe stosowane w biologii molekularnej (przy zastosowaniu technologii PCR i innych).

Prześlę Tobie manuale do ćwiczeń, są na hasło więc proszę nie rozprowadzać (prv).


Pozdrawiam

[pawlinson]

nie trzeba hasle i protokolow do swiczen. zapewne uzywasz tzw drabinki fermentasa. Jak poczytasz dokladnie to zauwazysz ze fermentas podaje dokladne stezenie danego fragmentu w okreslonej objetosci markera. To jest twoj pierwszy odnosnik do szacowania ilosci. Jezeli fragment na danej wysokosci swieci mocniej niz np prazek 500bp markera to znaczy ze jest go wiecej niz tego prazka, a ilosc prazka dowiesz sie z informacji. Kolejna sprawa, to mozesz uzyc wlasnego markera. Jezeli posiadasz DNA o sanym stezeniu i wielkosci podobnej do produkto(ow) trawienia to mozesz uzyc jego kolejnych rozcienczen i na podstawie intensywnosci swiecenia porownac swoja badana probe z proba znana. Te co swieca tak samo maja podobne stezenie. Jak chcesz to nieco upgrejdowac to mozesz uzyc analizy densytometrycznej, przy czym warto miec np seryjne rozcienczenia DNA o znanym stezeniu i porownac. Software jest rozny zalezy do czego masz dostep. Quantity One, Bio-Radu jest najprstszy i dodawany do imagera wiec mozesz to wykorzystac ale zdaje sie ze potrzeba wersji wyzszej niz basic.

[helicobacter]

Ależ potrzeba - dokładny opis rozjaśnia umysł
Właśnie m.in. tam jest to opisane.

W sumie każdy marker masowy ma podane stężenie więc jakikolwiek nie kupisz masz podobny efekt w swoich badaniach. Do tego przypuszczam, że dużo osób nie używa odczynników tak wykwintnych firm w rutynowych badaniach tym bardziej w przypadku ćwiczeń.
A no - nasunął mi się jeszcze jeden pomysł na podstawie postu powyżej - można wejść na katalog danej firmy i tam wszystko przeczytać Fermentas, Sigma czy nawet DNA Gdańsk i wiele innych firm posiada olbrzymie katalogi z charakterystyką produktu.