[Link] Planowanie PCR - zespół Angelmana

[Cassiopea]

Witajcie
Przyszedł czas że i ja, po latach podglądania i wspomagania się nieskończonymi zasobami wiedzy na Forum, postanowiłam dołączyć do grona Biologów. Z tej okazji, w ramach wstępu chciałabym się z Wami wszystkimi cieplutko przywitać

Przechodząc do meritum: muszę zaprojektować na sucho reakcję PCR, która pozwoliłaby mi na wykrycie mutacji, która skutkuje wystąpieniem choroby - w moim przypadku jest to zespół Angelmana. Muszę uwzględnić w projekcie wszystko - od informacji o genie, poprzez planowanie starterów i parametrów reakcji, na końcowym doborze wszelakich odczynników kończąc.

Mam tysiące linków, które miałyby mi w tym pomóc, jednak błądzę, niczym dziecko we mgle. Na początek mam pytania w związku z dwoma bieżącymi kwestiami.

Po pierwsze - informacje o genie i uzyskanie interesującej mnie sekwencji.
Interesuje mnie baza NCBI, wybieram Nucleotide, wpisuję Angelman syndrome.
Dumna i blada uzyskuję wynik:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF002225.1
Oświeci mnie ktoś, czy jestem na dobrej drodze? Jeśli nie, czym się kierować, wybierając odpowiedni z dostępnych rekordów?

Jeśli chodzi o planowanie starterów, to jest mój najmniejszy problem - znam zasady, którymi muszę się kierować i udało mi się posiąść niezbędną teorię - w podanej sekwencji, na sucho jestem w stanie je zaplanować, posiadając wskazane białko, w którym nastąpiła mutacja, wydruk z bazy NCBI i zadana długości starterów i docelowego fragmentu.
Posiadając powyższy link z bazy, zbaraniałam. Wiem, na jakim chromosomie, w którym miejscu leży mutacja, ale nie wiem, jak to odnieść do sekwencji. Wykonując ćwiczenia ze starterów, zawsze miałam podane białko i gotowy fragment w sekwencji białkowej i nukleotydowej, podane białko, w którym wystąpiła mutacja - posiadając takie informacje, jestem w stanie sobie poradzić. Tylko jak mogłabym je uzyskać na podstawie informacji znalezionych w NCBI?

Wybaczcie mi te, zdawałoby się, głupie pytania, ale przy jednoczesnym głodzie wiedzy i fascynacją samym projektem (no, i goniącym mnie terminem oddania zadania ) jestem kompletnie bezradna, tonę w morzu książek i nie mam pojęcia, za co się łapać i od czego zacząć. Będę wdzięczna za pomoc i naprowadzenie mnie na odpowiedni tok myślenia.

[Cassiopea]

Znalazłam inną sekwencję, która wydaje się bardziej odpowiednia - szukałam po nazwie genu odpowiedzialnego za mutację i spośród ogroma wyników odłowiłam coś takiego:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NG_009268.1

.jednakże jeśli chodzi o dalszy przebieg doświadczenia, jestem przerażona. Szukając informacji na temat białka, w którym może się pojawić mutacja odnalazłam informację:
"Delecja (wypadnięcie) fragmentu chromosomu 15 w regionie 15q11-q13 – dotyczy chromosomu pochodzenia matczynego. Występuje w około 65-75 % przypadków. Typowe delecje są duże, zawierają około 6 milionów par zasad. Ta sama delecja jest przyczyną zespołu Pradera- Williego, z tą różnicą, że wtedy defekt pochodzi z chromosomu ojcowskiego."

6 milionów par zasad.? Teraz to już mam w głowie sieczkę. Czy znajdzie się ktoś, kto byłby łaskaw naprowadzić mnie, od której strony to ugryźć?