OD 600 ?

Są wśród nas bakterie, wirusy, grzyby, cały świat mikro, o nich dyskutujemy na forum mikrobiologicznym
helicobacter
Posty: 38
Rejestracja: 5 kwie 2011, o 09:00

OD 600 ?

Post autor: helicobacter » 5 maja 2011, o 12:17

Pytanie tym razem o bakterie (a nie o grzyby). Kto wie jak odczytać wartość OD 600 ?
Jest E. coli o dużej koncentracji w hodowli płynnej – widać gołym okiem. I teraz wynik = 0.655
I o czym nam to mówi ? Czytając internetowe źródła pewnie powiecie, że to jest już liczba bakterii ?
Nie wiem – ponieważ to pomiar fotometryczny – wyniki są podobne przy różnych ilościach dodawanych do kuwety, więc myślę, że to nie jest wynik liczby bakterii.

Proszę o postowanie, jest to przydatna, i szybka metoda więc wszelkie informacje będą przydatne.

Jakusz
Moderator w spoczynku
Posty: 2313
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: OD 600 ?

Post autor: Jakusz » 5 maja 2011, o 16:20

helicobacter pisze: I teraz wynik = 0.655
I o czym nam to mówi ? Czytając internetowe źródła pewnie powiecie, że to jest już liczba bakterii ?
A gdzie znalazłeś takie informacje, że to jest już ilość CFU? Niby jaka to miałaby być to jednostka?

OD - optical density - to gęstość optyczna i jedynie o nią chodzi, gdy podaje się wartość OD(600). Nie oblicza się w ten sposób ilości CFU. To ostatnie robi się przez seryjne rozcieńczenia, wysianie bakterii na płytki i zliczanie kolonii. Potem przelicza się to na wyjściową ilość hodowli i wiadomo ile było w pierwotnym roztworze bakterii.

Jeśli masz wynik 0,655 to znaczy, że takie jest OD(600) - tyle

Jakusz
Moderator w spoczynku
Posty: 2313
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: OD 600 ?

Post autor: Jakusz » 5 maja 2011, o 16:24

helicobacter pisze:wyniki są podobne przy różnych ilościach dodawanych do kuwety
Czemu ja mam wrażenie, że to ten sam problem, który miałeś ostatnio w wątku o spektrofotometrze? Wiązka światła pada i przechodzi na jakiejś wysokości kuwety. Jeśli dodajesz zawiesinę bakterii (nie rozcieńczając jej) i jest do ilość wystarczająca, tzn. nie niższa niż dopuszczalne minimum, to otrzymujesz takie samo OD (zgodnie z założeniami).

Gdybyś raz dodał 1ml nierozcieńczonej zawiesiny, następnie 0,5 ml bakterii + 0,5ml wody, to OD powinno spać, bo zmniejsza się gęstość bakterii - zostały rozcieńczone.

helicobacter
Posty: 38
Rejestracja: 5 kwie 2011, o 09:00

OD 600 ??

Post autor: helicobacter » 6 maja 2011, o 08:39

Czytaj: post o ilości DNA. Zauważyłem to samo zjawisko i tu. Metoda rozcieńczeń i posiewy na płytkach to proces czasochłonny i bardziej złożony. Mniejsza o to – wiem, że istnieje taki przelicznik- na pewno, zwłaszcza natrafiłem na niego jak pytałem się o zarodniki –patrz post o zarodnikach mojego autorstwa. Istnieje skala zmętnienia, która mówi nam szacunkowo o rzędzie wielkości mikroorganizmów nazywa się skala McFarland’a, często skorelowana za OD 600.

Myślę, że istnieje korelacja pomiędzy załamaniem światła, a liczbą mikroorganizmów. Zresztą w publikacjach często ludzie określają tylko OD 600 i podają, iż jest to dla danego wyniku np. 2x10^8 komórek. Tylko jak oni to robią?

Mam tutaj przykład do zarodników:
zobacz-ten-plik.pdf
(25.76 KiB) Pobrany 22 razy
A przeliczniki do bakterii? Wiem jedno – z publikacji o wykorzystaniu mikroorganizmów w remediacjach środowiska(chodzi o WWA) wskaźnik OD 600 był przez pewien czas równomierny z liczbą CFU – w fazie późnej stanął w miejscu, a liczba komórek rosła? Dziwne.
Nom i najważniejsze – po pewnym czasie OD 600 jest zupełnie zafałszowane w stosunku do zliczania na płytkach – przyczyna – OD 600 zlicza także martwe komórki zawarte w hodowli, na płytkach one nie rosną.

Takie są moje spostrzeżenia. Więc czekam… może ktoś zna przelicznik z OD 600 na liczbę komórek.
Proszę o wsparcie.

Jakusz
Moderator w spoczynku
Posty: 2313
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: OD 600 ?

Post autor: Jakusz » 7 maja 2011, o 08:59

Okej, nie zrozumieliśmy się. Najpierw pytałeś o wartość OD(600), a tą podaje się po prostu bezjednostkowo.

Tak, skala McFarlanda służy do określania zmętnienia m.in. hodowli bakteryjnych. Z reguły pomiar robi się w przygotowanym do tego urządzeniu - densytometrze z odpowiednimi probówkami, co do których mamy pewność, że są transparentne, ale dałoby się to zrobić również w zwykłych kuwetach i spekolu przy 600 nm (bo przy takiej długości pracuje densytometr), choć traci się za każdym razem część hodowli i trzeba używać wielu kuwet chyba, że masz spekola w laminarze i robisz wszystko jałowo.

Ja sam używam zamykanych korkiem probówek, dodaje do świeżej pożywki po trochu nocnej hodowli danej bakterii i po każdym dodaniu sprawdzam ile to jest w skali McFarlanda, aż do uzyskania odpowiedniej wartości.

Rinoa1711
Posty: 35
Rejestracja: 15 maja 2010, o 14:29

Re: OD 600 ?

Post autor: Rinoa1711 » 9 lip 2011, o 14:42

A jeśli chcemy policzyć liczbę podziałów(n), częstość podziałów(v) i wiek osobniczy(g) to bierzemy pod uwagę tylko fazę logarytmiczną odczytaną z wykresu?
I jeszcze jedno pytanie czy może być n=v?

helicobacter
Posty: 38
Rejestracja: 5 kwie 2011, o 09:00

Re: OD 600 ?

Post autor: helicobacter » 13 lip 2011, o 12:38

V- częstość (szybkość) podziałów nie równa się n- liczbie podziałów, gdyż te wartości charakteryzują inne cechy wzrostu drobnoustrojów.

Przy obliczaniu ustalamy czas wystartowania poadaptacyjnego hodowli i punkt stabilizacji hodowli czyli trofofaz. Jednak do obliczeń można wziąć tylko wycinek czasowy podziałów z fazy wzrostu, jeśli znamy czas od startu do końca wzr. log.


V= n/t

opis:
V - stała szybkości podziałów
n - liczba podziałow
t - czas


g = t/n

opis:
g - wiek osobniczy

ODPOWIEDZ