Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Genetyka w życiu człowieka, zwierząt, roślin i innych organizmów to najczęściej poruszane tematy na forum genetyki
kokopeli
Posty: 37
Rejestracja: 14 gru 2008, o 22:20

Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: kokopeli » 18 gru 2011, o 18:23

Witam,
czy ktoś wspomógłby mnie jakimiś przykładami dryfu genetycznego u mikroorganizmów?
Mam do napisania pracę na ten temat, z tego co wiem wszyscy piszą o anemii sierpowatej lub o krępaku nabrzozaku. Zastanawiam się czy można by napisać o jakichś mikroorganizmach u których dryf wystąpił jednak nie chcę się pakować w jakiś mega trudny temat (trudny = taki gdzie informacje są trudno dostępne), bo muszę oddać esej we wtorek czyli pojutrze .
Myślałam o Phythopthora infestans ale w sumie za wiele nie znalazłam na ten temat.
Może ktoś wie jakim przykładem mogłabym się posłużyć. Nie muszą to byc koniecznie mikroorganizmy, ostatecznie mogę napisać o zwierzętach
Będę ogromnie wdzięczna za wszelką pomoc, pomysły, linki (mogą być anglojęzyczne)

ugaczakamaka
Posty: 51
Rejestracja: 5 kwie 2010, o 12:22

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: ugaczakamaka » 18 gru 2011, o 21:43

Jesteś pewna, że twój temat dotyczy dryfu genetycznego?
Dryf genetyczny, to pojęcie odnoszące się do przypadkowości w ewolucji mówiąc zwięźlej do zmiany częstości alleli w wyniku przypadku, czyli bez nadzoru doboru naturalnego. Natomiast tematy twoich znajomych dotyczą działania doboru naturalnego tj. anemia sierpowata jako przykład heterozji, czyli przewagi selekcyjnej heterozygot, a krępak jako przykład doboru kierunkowego - osobniki o ubarwieniu czarnym mają większe dostosowanie na terenach uprzemysłowionych niż osobniki o ubarwieniu jasnym.
Jeśli jednak szukasz dryfu genetycznego, to Dobzhansky przedstawił go podręcznikowo w badaniach na gatunku z rodzaju Drosophilla. Z laboratoryjnej populacji tej muchówki, gdzie występowały osobniki o różnych barwach oczu wybrał kilka osobników i przeniósł do różnych hodowli. Następnie w każdej z hodowli po okresie rozrodu wybierał losowo kilka osobników, jako przedłużenie populacji hodowlanej. Po kilku pokoleniach sprawdził barwę oczu w założonych hodowlach. Okazało się, że w kilku wszystkie osobniki miały tą samą barwę, a w pozostałych występował polimorfizm barwy oczu w wyniku przypadku doszło do zmiany częstości allelu w różnych hodowlach
Jeśli interesuję Cię badania Dobzhansky`ego, to mogę poszukać publikacji.

Pozdrawiam

kokopeli
Posty: 37
Rejestracja: 14 gru 2008, o 22:20

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: kokopeli » 18 gru 2011, o 22:51

To może napiszę co konkretnie ma być w moim raporcie
The student is required to carry out research on the topic of population genetics, based on the Hardy Weinberg equation and factors which influence the distribution of genes within the population. Then research and describe an event in history which may have affected the genome of population. it must include supporting evidence of some factors which may have disrupted the genetic equilibrium of the chosen population.

Nie jest napisane wprost, że ma być o o dryfie genetycznym, ale to nam babka wyraźnie dopowiedziała na zajęciach, no i jedno z assesment criteria jest: explain how in genetic drift random event chanfe allele frequencies.
Kurcze teraz mi dałaś do myślenia
No a jeśli chodzi o anemię to babka wspomniała, że o tym można pisać tzn jak się zmieniła w populacji częstość allelu wywołującego anemię po tym jak ludność z Afryki migrowała do Stanów, możliwe, że ona sama nie wie o czym mówi, bo genetyka populacji to nie jest jej dziedzina

Ja myślałam, aby napisać o Mycosphaerella graminicola, ale już nie wiem czy to będzie dobry przykład.

Na pewno by pasowały gepardy afrykańskie, ale bardzo bym chciała napisać o mikroorganizmach

U krępaka to chodziłoby chyba o to, że jak rozwinął się przemysł to te ciemniejsze lepiej się kamuflowały, a te jasne wyginęły - czyli mówisz, że to nie jest przykład dryfu? Ech dla mnie to nie do końca jest jasne, bo mieliśmy tylko jeden wykład o tym i to tak po łebkach

ugaczakamaka
Posty: 51
Rejestracja: 5 kwie 2010, o 12:22

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: ugaczakamaka » 19 gru 2011, o 08:58

Prawo H-D odnosi się do platońskiej populacji, czyli populacji idealnej spełniającej poniższe postulaty:
-populacja rozmnaża się płciowo
-osobniki kojarzą się losowo(brak doboru płciowego),
-brak działania doboru naturalnego,
-brak działania dryfu genetycznego(nieskończenie wielka populacja)
-brak mutacji,
Jeśli te postulaty zostaną spełnione, to rozkład genotypów można określić z rozwinięcia dwumianu -p2, 2pq, q2, gdzie p i q oznaczają częstości alleli.
Tak więc, w idealnej populacji można określić częstość genotypu z częstości alleli. W praktyce jest inaczej. Populacja jest skończona, podlega działaniu dryfu genetycznego, doboru naturalnego, tak że rzadko z częstości alleli możemy wydedukować częstość genotypów.

A więc nawiązując do tego raportu, możesz napisać o wszelkich czynnikach, które mogą zaburzyć równowagę H-W dobór naturalny, dryf genetyczny, dobór płciowy, mutacje czy nawet chów wsobny.
Możesz napisać o gepardzie, który przechodził przez wąskie gardło(czynnik: dryf genetyczny), o anemii sierpowatej u amerykańskich imigrantów(czynnik: dryf genetyczny) czy o krępaku(czynnik: dobór naturalny)
Niestety jednak, jeśli celujesz w klasyczne mikroby - bakterie i wirusy, to prawo H-W ich nie dotyczy, bo rozmnażają się one w sposób bezpłciowy.

kokopeli
Posty: 37
Rejestracja: 14 gru 2008, o 22:20

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: kokopeli » 19 gru 2011, o 09:42

Dziękuję bardzo, rozjaśniłeś mi w głowie i zaoszczędziłeś dżo czasu, bo właśnie miałam zamiar pozgłebiać genetykę populacji, żeby to bardziej pokumać

Mam jeszcze jedno pytanie, znalazłam takie zdanie i nie do końca rozumiem o co tu chodzi:
"Hardy and Weinberg showed in the following manner that if the population is very large and random mating is taking place, allele frequencies remain unchanged (or in equilibrium) over time unless some other factors intervene. - nie rozumiem jak z pokolenia na pokolenie częstość alleli się nie zmieni? Skoro zachodzi reprodukcja płciowa i kojarzenie jest losowe - nie mogę ogarrnąć jak częstość alleli się może nie zmienić. Chyba coś mieszam.

Ja myślałam, aby napisać o grzybach - lubię te stworzenia , znalazłam stronę gdzie podają przykłady dryfu genetycznego u grzybów właśnie

Kod: Zaznacz cały

apsnet.org/edcenter/advanced/topics/PopGenetics/Pages/geneticdrift.aspx
tylko wybiorę jednego delikwenta i poszukam więcej informacji.

Dziękuję raz jeszcze za pomoc

ugaczakamaka
Posty: 51
Rejestracja: 5 kwie 2010, o 12:22

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: ugaczakamaka » 19 gru 2011, o 11:25

kokopeli pisze:nie rozumiem jak z pokolenia na pokolenie częstość alleli się nie zmieni? Skoro zachodzi reprodukcja płciowa i kojarzenie jest losowe - nie mogę ogarrnąć jak częstość alleli się może nie zmienić. Chyba coś mieszam.
Prawo H-W jest dosyć abstrakcyjne. Dotyczy ono nieskończenie dużej populacji, gdzie pokolenia na siebie nie zachodzą(zapomniałem dodać) Spróbuje Ci to zobrazować.

Wyobraź sobie 1000 plemników i komórek jajowych, które mogą mieć allel a bądź A. Wrzucasz je do pudełka potrząsasz i otwierasz. I masz różne zygoty aa, Aa, lub AA. Następnie zygoty rozpadają się znów na komórki jajowe i plemniki. Ponownie umieszczasz je w pudełku i potrząsasz, po czym otwierasz pudełka i sprawdzasz genotypy. I znów.
Jak pewnie zauważyłaś częstość alleli się nie zmieni - jeśli było na początku 600 alleli a i 400 alleli A", to tak będzie nawet po setnym potrząsaniu.
To właśnie jest ta platońska populacja, która w rzeczywistości nie istnieje, bo allel a może być lepszy, seksowniejszy niż allel A czy niektóre plemniki mogą zostać przypadkiem porwane przez ufo lub przejechane przez renifery Mikołaja itp.
W wyniku takich zdarzeń zmienia się częstość alleli przez pokolenia jak i częstośc genotypów.

Szyściutko klir?

kokopeli
Posty: 37
Rejestracja: 14 gru 2008, o 22:20

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: kokopeli » 19 gru 2011, o 11:37

aa to teraz rozumiem senkju

Nasunęło mi się kolejne pytanie jeśli taka populacja w rzeczywistości nie istnieje to co nam konkretnie daje to równanie H-W? Skoro ono opisuje tylko sytuację hipotetyczną, która się nie zdarzy to na choinkę nam to równanie?

ugaczakamaka
Posty: 51
Rejestracja: 5 kwie 2010, o 12:22

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: ugaczakamaka » 19 gru 2011, o 12:10

kokopeli pisze:Nasunęło mi się kolejne pytanie jeśli taka populacja w rzeczywistości nie istnieje to co nam konkretnie daje to równanie H-W? Skoro ono opisuje tylko sytuację hipotetyczną, która się nie zdarzy to na choinkę nam to równanie?
W naukach przyrodniczych pełno jest praw, które są hipotetyczne, ukazujące sytuacje, z którą rzadko kiedy mamy styczność. Popatrzmy na I prawo dynamiki Newtona
"Jeśli na ciało nie działa żadna siła, to ciało porusza sie ruchem jednostajnym prostoliniowym bądź jest w spoczynku
Jakie dla fizyków znaczenie ma te prawo? Przecież cały czas działają jakieś siły na ciała. Stanowi ono punkt wyjścia, model względem którego badamy rzeczywistość. Nadasz kuli prędkość 20 km/h, jeśli zostanie spełnione pierwsze prawo, to powinna ona poruszać sie tak w nieskończoność. Jednak z badań wynika, że ciało po kilku metrach spada. No i fizyk zastanawia się dlaczego. Dochodzi do wniosku, że powodem tego jest siła tarcia cząsteczek powietrza zabierająca energie kuli, jak i siła grawitacji.
Podobnie jest z w genetyce populacyjnej. Jeśli są spełnione wszelkie postulaty prawa H-W, to z częstości alleli wydedukujemy częstość genotypów. I udajemy się w teren, by przeprowadzić badania populacji. Okazuję się, że częstość heterozygoty Aa jest o wiele większa od częstości wynikającej z prawa H-W. Więc widzimy, że któryś z postulatów nie został spełniony. I stawiamy hipotezy próbujące to wyjaśnić, które następnie testujemy.
I tak np. częstości genotypu Aa, powodującego niedokrwistość, jest w strefie subsaharyjskiej o wiele większa niż wynika, to z prawa H-W.
Okazuję się, że jest tak, dlatego że heterozygoty są odporne na malarie, co powodowało wzrost częstości heterozygot przez pokolenia.

kokopeli
Posty: 37
Rejestracja: 14 gru 2008, o 22:20

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: kokopeli » 19 gru 2011, o 12:32

no to już wszystko wiem i wreszcie mogę się zabrać za pisanie

ogromnie dziękuję, że chciało się Tobie to wszystko wyjaśniać!

kokopeli
Posty: 37
Rejestracja: 14 gru 2008, o 22:20

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: kokopeli » 19 gru 2011, o 22:30

Muszę jeszcze potruć bo trafiłam na jakieś skomplikowane pojęcie, nie wiem co to znaczy i nawet nie potrafię tego przełożyć na polski
"migration-induced bottlenecks on genetic variability of founder populations"
toż to jakiś straszny misz masz
wiem co to bottlenecks
wiem co to founder effect
ale nie moge tego wszystkiego poskładać do kupy

Ugaczakamaka mój góru mam nadzieję, że i tym razem mnie wybawisz z opresji
Mogłabym co prawda umieścić to w raporcie, ale ja tak kurcze nie potrafie pisać o czymś czego nie kumam

ugaczakamaka
Posty: 51
Rejestracja: 5 kwie 2010, o 12:22

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: ugaczakamaka » 20 gru 2011, o 08:47

kokopeli pisze:"migration-induced bottlenecks on genetic variability of founder populations
Chodzi tutaj o tzw. efekt założyciela. Jeśli część osobników migruje np. na wyspę i tam zakłada nową populację, to częstość alleli w takiej populacji może być diametralnie różna niż w populacji wyjściowej. Dlaczego? Mamy nasze pudełko z plemnikami i k. jajowymi. Wsadźmy tam rękę i wyjmijmy 100 gamet. Z faktu, że wyjmiemy je losowo może wyniknąć, że wszystkie będą miały allel a", lub inną możliwą częstość, ponieważ zależy to od przypadku.

kokopeli
Posty: 37
Rejestracja: 14 gru 2008, o 22:20

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: kokopeli » 20 gru 2011, o 09:51

Ja rozumiem (o dziwo! ) efekt założyciela, ale dlaczego jest tam wspomniane różwinież wąskie gardło? Co ma piernik do wiatraka, że tak powiem?
Czy tu chodzi o to, że w wyniku migracji populacja przeszła bottleneck a potem te osobniki, które przeżyły rozpoczeły nową populację - czyli były one założycielami?

ugaczakamaka
Posty: 51
Rejestracja: 5 kwie 2010, o 12:22

Re: Przykłady dryfu genetycznego u mikroorganizmów

Post autor: ugaczakamaka » 20 gru 2011, o 20:51

kokopeli pisze:a rozumiem (o dziwo! ) efekt założyciela, ale dlaczego jest tam wspomniane różwinież wąskie gardło? Co ma piernik do wiatraka, że tak powiem?
Czy tu chodzi o to, że w wyniku migracji populacja przeszła bottleneck a potem te osobniki, które przeżyły rozpoczeły nową populację - czyli były one założycielami?
Przepraszam, że tak późno, ale wcześniej nie mogłem. Bardzo dobrze rozumujesz. Efekt szyjki od butelki dotyczy wszystkich sytuacji, w których dochodzi do nagłej zmiany liczebności populacji. Czy to przez migracje, czy śmiertelną katastofę, ponieważ efekt jest taki sam. Zobrazujmy to.
Powróćmy do naszego pudełka z gametami. Możesz przenieść sto gamet do drugiego pudełka bądź zgnieść dziewiećset. Bez względu na to, co zrobisz efekt będzie taki sam - zmiana częstości alleli. Różnica polega na tym, że w przypadku pierwszego powstaną dwie populacje różniące sie częstością alleli od wyjściowej, a w drugim przypadku tylko jedna.

Aha! Piernik i wiatrak mają tyle samo liter!

ODPOWIEDZ
  • Podobne tematy
    Odpowiedzi
    Odsłony
    Ostatni post