AnnaW_UO pisze:
- wewnętrzne sekwencje kierujące
Co masz na myśli? Czy posiadasz jakieś informacje ( prosiłbym o artykuły lub bazy danych, a nie książki, bo do nich mam trudniejszy dostęp), dowodzące istnienia takich sekwencji i ich związku z konkretną lokalizacją w danym przedziale mitochondrium.
AnnaW_UO pisze:
Białka nie posiadające sekwencji kierującej trafiają do przestrzeni perymitochondrialnej - jak np. cytochrom c.
Poproszę o jakichś artykuł dowodzący tego, co piszesz.
Lubię takie problemy rozstrzygać na konkretnych organizmach, najlepiej modelowych, bo są wnikliwie badane. Wykonałem dzisiaj wysiłek, i przeanalizowałem doskonałą bazę
yeastgenome.org
Z spośród 747 białek niecałe 50% zawiera sekwencję kierującą (
transit peptide). Co ciekawe, i sprzeczne z tym, co piszesz, białka nie posiadające sekwencji sygnalnych trafiają do różnych przedziałów. Spośród 69 białek błony zewnętrznej,
tylko jedno miało sekwencję kierującą. Jak zatem one trafiają do mito?
AnnaW_UO pisze:
Przejście przez TOM
dwie główne drogi:
TIM23 - dodatnio naładowana presekwencja kierująca przy końcu aminowym, rozpoznawana przez ujemnie naładowaną domenę TIM23.
siłą napędową jest potencjał wewnętrznej błony
TIM22 - wewnętrzne sekwencje kierujące, białka trafiają do błony wewnętrznej.
To prawda, ale jak zwykle w przyrodzie, mechanizm jest bardziej skomplikowany, gdyż istnieje kilka kompleksów translokacyjnych.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18672008
AnnaW_UO pisze:
Nie dysponuję przykładami sekwencji kierujących
AnnaW_UO pisze:
4. Nie wie - struktura białka sprzyja przyłączeniu chaperonów. Deformacja białka, ujawnienie nieprawidłowych sekwencji może takie białka wykluczyć z ochrony i nawet przeznaczyć do degradacji.
Wszystkie informacje potrzebne zawarte są w strukturze białka, wynikającej z jego sekwencji aminokwasów.
Ustalmy pewne fakty. Jak zrozumiałem artykuł str.4
1. Do potencjalnego białka mito. zostają przyłączone
specyficzne białka opiekuńcze z rodziny Hsc70 i białko HSP90.
Białka opiekuńcze to liczna grupa, których zadaniem jest ochrona innych białek przed agregacją i degradacją oraz pomagają w uzyskaniu prawidłowej konformacji. Komórka wybiera konkretne np. hsp90, spośród kilkudziesięciu innych przyzwoitek i dostarcza je również do konkretnej makrocząsteczki, spośród tysięcy innych rodzajów makrocząsteczek. Całość odbywa się w ogromnym zagęszczeniu cytoplazmy, gdzie obecne są miliony makrocząsteczek nieustannie ze sobą oddziałowujące. To zjawisko określane jako macromolecular crowding
en.wikipedia.org/wiki/Macromolecular_crowding
Zwróć uwagę, jak wielkie jest wielkie jest tam zagęszczenie:
Komórka musi wiedzieć, a ścislej znać mechanizm odczytu i interpretacji tej informacji zawartej w strukturze białek. Sekwencje kierujące nie są przyczyną, że białko dociera do mitochondrium. One są warunkiem koniecznym w wielu wypadkach, bo tylko co 2 zawiera ją u drozdży, ale nie wystarczajacym do
zintegrowania procesu transportu do mitochondrium
- jakościowo tzn. ściśle określone białka tworzą kompleks transportowy
- ilościowo tzn. w odpowiedniej proporcji
- czasowy tzn makrocząsteczki muszą szybko być ze sobą związane, aby nie ulec niespecyficznym, destruktywnym wiązaniom
- przestrzenny tzn. specyficzne białka muszą zostać do siebie w określonym miejscu dostarczone, czyli to spotkanie molekularne nie może być przypadkowe, i w okreslone miejsce dostarczone, czyli mito.
AnnaW_UO pisze:
5. Nie zna. Wędruje tu i tam, ale wpuszczą go tylko do właściwych miejsc.
To byłby chaos, a nie zintegrowany proces transportu białek do mito. w sposób opisany przeze mnie powyżej. Co to są właściwe miejsca? Kto o tym decyduje, czyli gdzie jest potrzebna do tego informacja